'선재 업고 튀어'가 크게 흥행하며 작품은 물론이고 출연 배우들도 시청자들의 열렬한 지지와 응원을 받았다. 그러나 작품 인기와 달리 김혜윤의 소속사 아티스트컴퍼니 측 대우가 아쉽다는 지적이 이어지며 한때 소속사 측 방치 논란이 불거지기도 했다. 일부 팬들은 소속사가 '선재 업고 튀어' 관련 콘텐츠를 공개하지 않고, 상대역인 변우석과 달리 김혜윤의 화보, 예능 출연 등 활동이 적다고 우려를 표했다.
김혜윤은 이러한 논란에 대한 생각도 조심스럽게 전했다. 그는 "내가 작품('선재 업고 튀어')가 끝나고 이 회사로 오게 됐다. 모두가 굉장히 따뜻하게 맞아주셨다"고 밝혔다.
다만 작품 관련 일정이 적었던 이유에 대해서는 "사실 아무도 불러주지 않으셨다. 불러만 주신다면 일을 열심히 할 자신이 있다"고 솔직하게 말했다.
김혜윤은 이러한 논란이 특별한 경험이었다고 고백하기도 했다. 그는 "'이렇게까지 많은 사랑을 받고 있구나' 느끼게 하는 상황들이었다. 지금까지 이런 일들이 없었다. '작품 때문에 팬들이 속상해하는 부분이 있었구나' 싶었다. 그런 걸 체험하는 시간이었다"고 말했다.
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