2016년 네덜란드에서 식사를 하던 도중 밥풀이 튀었다는 이유로 사과하는 후배에게 화를 내며 뒷통수를 세게 내리쳤다.
또한, 복수 이상의 빙상 국가대표 선수는 이승훈이 2013년 3월 독일 엘푸르트 훈련 도중 함께 뛴 선수의 머리를 여러 차례 내리쳤다고 밝혔고, 자신의 방으로 불러 물구나무서기를 시키는 등 기합을 줬다는 증언이 나오며 큰 파장을 불러 일으켰다.
이에 대해 문체부는 감사결과 "이승훈이 대회 기간인 2011년과 2013년, 2016년 숙소, 식당 등에서 후배 2명에 대해 폭행 및 가혹 행위를 한 정황을 확인했으며, 후배 선수들은 폭행 일시와 장소, 상황을 일관성 있고 상세하게 진술하고 있어 빙상연맹 차원에서 진상 조사가 필요하다."고 발표했다.
이승훈은 "훈계를 했을 뿐 폭행이나 가혹 행위는 없었다."고 주장했지만, 빙상연맹은 이승훈이 후배 선수를 폭행한 정황을 확인했다며 2019년 7월 4일부터 1년간 국내대회 출전 정지 처분을 내렸다. 이후 재심을 신청했지만 기각되어 1년 자격정지 처분이 확정되었다.