크고 작은 사고도 많았다. 2007년 8월 김해공항에서, 2013년 2월엔 김포공항에서 각각 제주항공 여객기가 활주로를 이탈하는 사고가 발생했다. 2019년에는 김해공항 이륙 직후 기체 소프트웨어에 문제가 생겨 급히 회항하는 일도 있었다. 국토부는 이듬해 11월 제주항공이 자동항법장치 고장 사실을 인지하고도 운항을 강행한 것으로 보고 과징금 6억6000만원을 부과했다.
2021년에는 보조 날개가 손상된 기체를 수리하지 않고 그대로 운항한 사실이 드러나 논란이 됐다. 또 2022년에는 일본 오사카 간사이국제공항에서 이륙 직후 기체 이상으로 급히 회항하는 일이 있었다. 당시 버드 스트라이크(조류 충돌)와 함께 기체 결함 가능성이 거론됐다.
'무안 참사' 발생 이후 애경그룹의 어설픈 대처도 논란이 됐다. 장 회장은 전날 오후 "신속하게 사고를 수습하고 필요한 조치가 이뤄질 수 있도록 제주항공뿐 아니라 그룹 차원에서 총력을 다해 모든 지원을 아끼지 않겠다"며 유가족들에 대한 사과문을 발표했다. 하지만, 사과문이 나온 건 사태 발생 후 11시간이 지난 전날 오후 8시 10분쯤이었다. 또한 181명의 탑승자 가운데 179명이 사망했다는 사실이 확정 발표된 뒤였다.
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